高新技術企業認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業認定的申報企業委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

　　高新技術企業專項審計涉及研發費用的部分，主要是年度會計年度研發費用結構明細表，近三個會計年度研發開發費用匯總表，以及近三年研發開發費用總額占銷售收入總額比例情況表，編制原則和方法，以及說明。

　　但需要注意的是，企業近三個會計年度 的研究開發費用總額占同期銷售收入總額的比值，且最近一年銷售收入小于5000萬元(含)、在5000萬元至2億元(含)、在2億元以上的企業，在對用階段的研發費用比值分別不低于5%、4%、3%;企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低于60%;委托外部研究開發費用按照實際發生額的80%計入委托方研發費用總額。

　　近一年高新技術產品(服務)專項審計是對企業申報上一年的高新技術產品(服務)收入的審計，最終符合的要求的收入是否占企業總收入的60%以上。主要的資料是前一年度企業產品(服務)收入情況和申請前一年度高新技術產品(服務)收入明細表。

　　另外，需要提醒大家的是，由于高新技術企業資產自頒發證書之日起，有效期為三年，期滿前三個月內企業應提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業資格到期自動失效。