一般農產品有如下幾種進項稅抵扣方法(核定扣除除外);

第一種：從一般納稅人取得開具的增值稅專用發票或海關專用繳款書，按發票上的稅額抵扣;

第二種：從小規模納稅人購進的農產品，取得3%征收率的增值稅專用發票，按票面金額和9%的扣除率計算抵扣進項稅;

第三種：從農業生產者手中購進的農產品，按收購發票和銷售發票，注明的買價和9%扣除率計算進項稅;

第四種：如果購進的農產品用于生產13%稅率的貨物的，在領用當期加計扣除1%的進項稅，即實際扣除率是10%;綜上，貴司取得小規模納稅人開具的農產品銷售發票，可以按照票面金額和9%的扣除率計算抵扣進項稅。

相關規定：

《關于簡并增值稅稅率有關政策的通知》(財稅201737號)

二、納稅人購進農產品，按下列規定抵扣進項稅額：

(一)除本條第(二)項規定外，納稅人購進農產品,取得一般納稅人開具的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書的，以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額;從按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上注明的金額和11%的扣除率計算進項稅額;取得(開具)農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上注明的農產品買價和11%的扣除率計算進項稅額。

(二)營業稅改征增值稅試點期間，納稅人購進用于生產銷售或委托受托加工17%稅率貨物的農產品維持原扣除力度不變。

(三)繼續推進農產品增值稅進項稅額核定扣除試點，納稅人購進農產品進項稅額已實行核定扣除的，仍按照《財政部國家稅務總局關于在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法的通知》(財稅201238號)、《財政部國家稅務總局關于擴大農產品增值稅進項稅額核定扣除試點行業范圍的通知》(財稅201357號)執行。其中，《農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》(財稅201238號印發)第四條第(二)項規定的扣除率調整為11%;第(三)項規定的扣除率調整為按本條第(一)項、第(二)項規定執行。

(四)納稅人從批發、零售環節購進適用免征增值稅政策的蔬菜、部分鮮活肉蛋而取得的普通發票，不得作為計算抵扣進項稅額的憑證。

(五)納稅人購進農產品既用于生產銷售或委托受托加工17%稅率貨物又用于生產銷售其他貨物服務的，應當分別核算用于生產銷售或委托受托加工17%稅率貨物和其他貨物服務的農產品進項稅額。未分別核算的，統一以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額，或以農產品收購發票或銷售發票上注明的農產品買價和11%的扣除率計算進項稅額。

(六)《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條第二款第(三)項和本通知所稱銷售發票，是指農業生產者銷售自產農產品適用免征增值稅政策而開具的普通發票。

《關于調整增值稅稅率的通知》(財稅201832號)

二、納稅人購進農產品，原適用11%扣除率的，扣除率調整為10%。

《關于深化增值稅改革有關政策的公告》(財政部稅務總局海關總署公告2019年第39號)

二、納稅人購進農產品，原適用10%扣除率的，扣除率調整為9%。納稅人購進用于生產或者委托加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。